Handel elektroniczny nie jest niestety wolny od wad i zagrożeń, jednakże większość ich wynika z faktu, iż ten sposób prowadzenia interesów jest nowym dla użytkowników. W miarę zapoznawania się z nową technologią i dostępnością do niej, większość z nich zniknie, lub nie będzie już taka trudna do zaakceptowania.

Zagrożenia i wady handlu on-line dla klientów:
• Nowe i nieznane, więc trudno przekonać do tego klienta;
• Brak kontaktu fizycznego z sprzedawcą;
• Bezpieczeństwo danych, zabezpieczenie płatności;
• Brak natychmiastowej gratyfikacji;

Zagrożenia i wady handlu on-line dla firm:
• Wysoki koszt transportu towaru do klienta;
• Firma jest jedną z tysiąca firm (na stronie www wszystkie mogą prezentować się dobrze).


Podsumowując można by stwierdzić, że głównym problemem w handlu elektronicznym jest przekonanie klientów, że zawierane w ten sposób transakcje są bezpieczne i są dla niego opłacalne.
Chodzi tu o przełamanie pewnej bariery psychologicznej wśród klientów i uzmysłowienie im korzyści płynących z tego. W kraju takim jak Ukraina lub Polska, do którego Internet niedawno zaczął docierać na szerszą skalę dochodzi do tego problem, związany z brakiem uregulowań prawnych, albo inaczej mówiąc w sferze przepisów prawnych dotyczących e-biznesu wiele może się wydarzyć.

Do tego dochodzą braki dotychczasowej infrastruktury technicznej a także praktyki monopolistyczne companij telefonicznych. Osobną sprawą dotyczącą już całej społeczności internetowej jest bezpieczeństwo danych, czyli wirusy, hackerzy, cracerzy, bombermailing itd.